Sejarah berdirinya Partai Amanat Nasional (PAN) tak terlepas dari sosok Amien Rais, sang lokomotif gerakan reformasi 1998. Pasca keberhasilan menumbangkan Orde Baru, Amien Rais dan 49 rekan-rekannya yang tergabung dalam Majelis Amanat Rakyat (MARA) merasa perlu meneruskan cita-cita reformasi dengan mendirikan partai politik baru.

Majelis Amanat Rakyat (MARA) yang merupakan salah satu organ gerakan reformasi pada era pemerintahan Soeharto, bersama dengan PPSK Yogyakarta, tokoh-tokoh Muhamadiyah, dan Kelompok Tebet kemudian membidani lahirnya Partai Amanat Nasional (PAN).

Setelah berhasil turut serta dalam menjatuhkan rezim Orde Baru, Amien Rais (ketua umum Muhammadiyah saat itu) berkeinginan untuk kembali ke Muhammadiyah.

Berlainan dengan itu, Amien Rais justru merasa terpanggil melanjutkan perjuangan setelah meruntuhkan rezim Indonesia untuk kembali membangun Indonesia. Tujuannya tersebut membawanya mendirikan partai politik baru yang kemudian diberi bama Partai Amanat Nasional (PAN).
Awalnya partai politik yang berasaskan Pancasila ini awalnya sepakat dibentuk dengan nama Partai Amanat Bangsa (PAB) namun akhirnya berubah nama menjadi Partai Amanat Nasional (PAN) pada pertemuan tanggal 5-6 Agustus 1998 di Bogor.

Partai Amanat Nasional (PAN) didirikan oleh 50 tokoh nasional, di antaranya Prof. Dr. H. Amien Rais, Faisal Basri MA, Ir. M. Hatta Rajasa, Goenawan Mohammad, Dr. Rizal Ramli, Abdillah Toha, Dr. Albert Hasibuan, Toety Heraty, Prof. Dr. Emil Salim, A.M. Fatwa, Zoemrotin, Alvin Lie Ling Piao dan lainya.

Dideklarasikan pada tanggal 23 Agustus 1998 di Istora Senayan Jakarta, pendeklarasian partai ini dihadiri oleh ribuan massa. Pada saat itu puluhan tokoh-tokohnya tampil dipanggung, melambai-lambaikan tangan menyambut riuhnya tepuk tangan hadirin menandakan antusiame masyarakat akan didirikannya PAN.

Pengesahan pendirian PAN sendiri berdasarkan pengesahan Depkeh HAM No. M-20.UM.06.08 tanggal 27 Agustus 2003.

Sebagai partai yang lahir di penghujung era orde baru, PAN pun didirikan dengan mengusung semangat Indonesia baru untuk menggantikan nuansa pemerintahan otoriter yang kental pada jaman orba.

PAN bertujuan menjunjung tinggi dan menegakkan kedaulatan rakyat, keadilan, kemajuan material dan spiritual. Cita-cita partai juga berakar pada moral agama, kemanusiaan, dan kemajemukan, sedangkan selebihnya PAN menganut prinsip nonsektarian dan nondiskriminatif.

Partai ini memiliki azas “Ahlak Politik Berlandaskan Agama yang Membawa Rahmat bagi Sekalian Alam”.

Dengan azas itu PAN menjadikan agama sebagai landasan moral dan etika berbangsa dan bernegara yang menghargai harkat dan martabat manusia serta kemajemukan dalam memperjuangkan kedaulatan rakyat, keadilan sosial, dan kehidupan bangsa yang lebih baik untuk mewujudkan Indonesia sebagai bangsa yang makmur, maju, mandiri dan bermartabat.

Partai ini pada dasarnya adalah partai terbuka, meski sebagian orang menganggapnya partai orang Muhammadiyah karena sosok Amien Rais pada saat itu adalah Ketua Umum Muhammadiyah.